공복 유산소 운동은 체지방 제거 운동으로 유명하다. 먹은 게 없을 때 유산소 운동을 하면 몸에 저장된 체지방을 운동 연료로 사용하게 되기 때문이다. 그러나 모든 사람에게 적합한 운동은 아니다. 근육을 키우려는 사람, 당뇨병 환자 등은 공복 유산소 운동을 하지 않는 것이 좋다.

공복 유산소 운동을 1시간 이상 하게 되면 오히려 근육이 빠질 수 있다. 근육의 주성분인 단백질이 에너지원으로 쓰이기 시작하기 때문이다. 근육량이 줄면 숨을 쉬는 등 살아갈 때 기본적으로 소비되는 열량인 기초대사량이 줄어, 오히려 체지방이 쉽게 불어나는 체질로 변할 수 있다.

당뇨병 환자는 반드시 공복 운동을 피해야 한다. 혈당 조절에 문제가 생길 수 있다. 당뇨약을 복용하고 있는 사람이 무리하게 운동하면 저혈당 쇼크를 주의해야 한다. 약을 복용해 이미 혈당 수치가 낮아져 있는데, 운동을 하면서 더 혈당이 낮아지기 때문이다. 저혈당 쇼크가 오면 식은땀이 나고, 손이 떨리고, 맥박이 빨라지며, 집중력이 저하된다. 심하면 의식을 잃거나 생명을 잃을 수도 있다. 약을 복용하지 않고 평소 혈당 수치가 높은 당뇨병 환자는 오히려 공복 운동 중 혈당이 더 높아질 수 있다. 운동 중 혈당을 올리는 호르몬인 글루카곤 분비가 촉진되고, 인슐린 기능을 방해하는 스트레스 호르몬인 코르티솔 수치가 오르기 때문이다.

한편, 공복 유산소 운동 효과를 높이기 위해 운동 중간에 에너지 드링크나 단순 당이 들어간 식품을 먹기도 하는데, 이는 오히려 소비 열량보다 섭취 열량을 높여 체지방 감량 효과를 줄이는 부작용으로 이어질 수 있다.