습관처럼 구강청결제를 사용하는 사람들이 있다. 그런데 구강청결제를 과도하게 사용하면 여러 부작용이 생길 수 있어 주의해야 한다.

우선 치아가 갈색 등으로 변색될 수 있다. 구강청결제에 들은 세틸피리디늄틀로라이드(CPC) 등의 성분이 치약의 계면활성제 성분과 결합하면 치아를 변색시킨다. 영국 브리스톨 치과대학 연구진이 클로르헥시딘(CHX), 세틸피리디늄클로라이드 등 구강청결제 주요 성분과 치약의 조합이 치아 변색에 얼마나 영향을 미치는지 실험했다. 그 결과, 클로르헥시딘의 경우 높은 농도에서, 세틸피리디늄클로라이드의 경우 농도와 관계없이 치아를 변색시키는 것으로 나타났다. 치약 단독으로는 이런 변색이 발생하지 않았다. 이 연구 결과는 ‘임상치주과학저널(J Clin Periodontol)’에 게재됐다. 이런 이유로 구강청결제는 양치질 직후에 가급적 사용을 피하는 것이 좋다고 권고된다.

​드물지만 화학적 화상(chemical burns)​을 입을 위험성도 있다. 이와 관련, 3%의 과산화수소가 포함된 일반적인 구강청결제를 사용한 환자에게서 통증, 점막손상이 나타났다는 보고가 치과계 저널에 게재됐다.

따라서 구강청결제는 입에 2~3분 이상 머금지 말고, 제품 사용 뒤에는 물로 가볍게 헹구는 것이 좋다고 전문가들은 말한다. 특히 입에 머금었을 때 따끔한 느낌이 심하면 뱉어낸다. 입안에 상처가 있거나 구강 점막이 약한 어린이나 고령층은 특히 주의가 필요하다.

구강청결제를 구강건조를 유발하기도 하는데, 예방을 위해서는 건강한 사람도 하루 2회 이하 사용하고, 구강이 더 건조해지기 쉬운 빈혈, 당뇨병 환자나 노인은 1회 이하만 사용하는 게 적당하다.