부작용 우려 때문에 여성호르몬제 대신 식물성 여성호르몬제를 찾는 사람이 많다. 식물성 여성호르몬은 분자구조가 여성호르몬인 에스트로겐과 비슷해 먹으면 여성호르몬을 보충한 것과 유사한 효과를 낸다. 유방암 위험 증가 같은 부작용도 거의 없다. 그러나 그만큼 효과도 크지 않다. 서울아산병원 산부인과 김성훈 교수는 "식물성 여성호르몬제는 여성호르몬제의 30~40% 정도에 불과할 것"이라고 말했다.

식물성 여성호르몬제는 승마, 세인트존스워트, 이소플라본(콩 성분) 등 3가지가 주 성분이다. 이 성분들은 에스트로겐 수용체에 대신 달라붙어 에스트로겐 역할을 하고, 세인트존스워트는 폐경기 대표 증상인 불안감·우울감을 감소시킨다. 클리마디논(일동제약), 시미도나(종근당)는 승마추출물 단일제제이고, 훼라민큐(동국제약), 진페리시(한미약품) 등은 승마와 세인트존스워트 성분이 섞여 있다. 훼미그린(녹십자), 에로스트(조아제약) 등은 이소플라본 제제인데, 에스트로겐을 억제하는 효과도 있어 생리전증후군에도 쓴다. 이소플라본 제제는 와파린 같은 항혈전제의 효과를 떨어뜨리므로 같이 먹으면 안 된다. 이들 약은 의사 처방전 없이 살 수 있는 일반의약품이다.

처방전이 필요한 전문의약품도 있다. 클리마토플란(엘브리지)은 승마, 세피아, 이그나시아, 생귀나리아 등 4가지 성분이 들었는데, 12주 이상 쓰면 에스트로겐 보충제를 썼을 때와 효과가 비슷하다. 부작용 위험은 아직 보고되지 않았다.