배뇨통은 말 그대로 소변을 볼 때 느껴지는 통증이다. 구체적인 증상은 질환마다 다르다. 소변을 배출하기 시작할 때 통증이 있으면 요도 문제일 수 있고, 소변을 다 배출한 무렵에 배뇨통이 느껴지면 방광 문제일 가능성이 있다. 특히 남성은 배뇨통이 있을 경우 전립선질환이나 신장결석을, 여성은 방광염과 요도증후군을 의심할 필요가 있다.

전립선비대증은 남성 배뇨통의 대표적 원인이다. 비대해진 전립선이 요도를 압박하는 질환으로, 배뇨통뿐 아니라, 소변을 자주 보는 빈뇨, 수면 중 소변이 마려워 깨게 되는 야간뇨 등이 동반된다. 나이가 들면 호르몬 변화로 인해 전립선비대증 발병 위험이 증가한다. 60대 남성 약 70%, 70대 이상 남성 대부분이 전립선비대증 증상이 있는 것으로 알려졌다. 신장결석 또한 배뇨통의 원인이 될 수 있다. 결석이 요관을 따라 이동하면 소변을 볼 때 통증을 유발한다. 심하면 소변 길이 막히기도 한다. 신장결석은 남성이 여성보다 발병 위험이 높다.

여성의 경우 방광염으로 인해 배뇨통이 생길 수 있다. 방광염은 세균·바이러스 등에 의해 방광 점막이나 점막 아래 조직에 염증이 생기는 질환이다. 대변에 서식하는 대장균 또는 포도상구균, 간균, 장구균 등이 원인이 된다. 여성은 요도가 짧고 요도와 항문 사이가 가까워 남성에 비해 방광염이 발생할 위험이 높다. 방광염이 발생하면 소변이 자주, 심하게 마려울 수 있고, 소변을 볼 때 타는 듯한 통증이 느껴진다. 드물게 발열, 혈뇨, 치골 통증을 호소하며, 소변이 뿌옇거나 연한 분홍색, 붉은색, 갈색을 띠는 경우도 있다.

간혹 요도증후군이 여성 배뇨통의 원인이 되기도 한다. 요도증후군은 요도를 보호하는 물질이 제대로 분비되지 않으면서 발생한다. 소변이 요도를 자극하면 통증이 생길 수 있다. 방광염과 증상이 비슷하지만, 염증이 생기지 않는다는 점에서 차이가 있다.