세균 감염을 치료하는 약인 항생제가 설사를 유발할 수 있다. 보통 면역력이 떨어진 사람에게 많이 나타나는데, 설사는 건강을 더 약하게 해 적절한 조치가 조기에 이뤄지지 못하면 사망까지 이어질 수 있으므로 주의해야 한다.

장에는 유익균과 유해균 등 여러 균이 균형을 맞춰 서식하고 있다. 항생제를 먹으면 장내세균총 간 균형이 깨지면서 설사를 유발한다. 주범은 클로스트리듐 디피실(Clostridium difficile)이라는 균이다. 이 균은 오래전부터 장에 사는 상주균 중 하나인데, 다른 균들보다 수가 적어 평소에는 큰 문제를 유발하지 않는다. 그러나 항생제를 사용하면 클로스트리듐 디피실의 번식을 억제하는 유익균 수가 줄어, 그 기회를 틈타 클로스트리듐 디피실 수가 증가한다. 이 균은 독소를 배출해 장점막을 손상시키고 염증을 일으켜 설사를 유발한다. 클로스트리듐 디피실로 인한 설사는 상대적으로 다양한 항생제를 복용한 경험이 많고, 면역 기능이 약한 고령 환자에게 주로 발생한다.


국제 학술지 란셋(Lancet)에 발표된 한 연구에 따르면 클로스트리듐 디피실로 생긴 설사가 환자 사망률을 증가시키는 요인으로도 작용하는 것으로 나타났다. 연구팀이 3개월간 클로스트리늄 감염 디피실 환자를 관찰한 결과, 환자의 22%가 사망했는데 사망한 환자의 40%가 클로스트리늄 디피실이 사망 원인인 것으로 확인됐다.

설사는 항생제를 사용한 후 주로 1~2일 후에 나타난다. 항생제 복용을 끝마친 후에도 나타날 수 있다. 항생제 복용 중 설사가 나타났다면 바로 담당 의료진에게 연락 후 복용을 멈춰야 한다. 항생제를 꼭 복용해야 하는 환자는 다른 항생제로 바꿔 복용한다. 항생제를 먹고 2시간 후에 유산균을 먹는 것도 방법이다.