많은 사람이 귤을 냉장고에 보관한다. 가장 큰 이유는 맛 때문이다. 시원한 귤을 선호하는 경우가 많기 때문이다. 그러나 사실 냉장 보관은 오히려 귤의 맛을 떨어뜨릴 수 있다.

귤은 공기가 통하지 않는 냉장고에 보관하면 신맛이 강해질 수 있다. 또 귤이 차가울 땐 혀가 단맛을 인지하지 못해, 신맛이 더 강하게 느껴질 가능성이 크다. 3~4도 정도의 서늘하고 그늘진 곳에 보관하는 것이 가장 좋다. 1도 이하에서는 냉해를 입기 쉬워 주의해야 한다.

보관할 때는 서로 붙지 않게 종이나 신문지로 낱개 포장해, 겹겹이 쌓아두면 좋다. 상자나 봉지에 여러 개의 귤을 담아 놓으면 귤끼리 부딪쳐 상할 수 있다. ​밀봉 보관은 피한다. 공기의 유통이 차단되면서 발생하는 알코올로 인해 좋지 않은 냄새가 날 수 있다.​​ 반대로 너무 건조하면 신선한 맛이 빨리 없어질 수 있다.

한편, 보관하다가 곰팡이가 피었다면 즉시 버려야 한다. 감귤에 피는 곰팡이는 두드러기, 발진 등 알레르기를 일으킬 수 있다. 버릴 때는 곰팡이가 핀 부분만이 아닌, 통째로 버려야 한다. 눈에 보이는 곰팡이는 일부분에 불과하더라도, 감귤처럼 무른 과일에는 곰팡이가 깊숙이 침투해 있을 가능성이 크다.

감귤에 핀 곰팡이가 다른 귤에 옮겨갈 수 있기 때문에 곰팡이가 피지 않은 나머지 감귤을 골라낸 후, 깨끗이 세척해 물기를 닦아내야 한다.