칫솔에는 세균이 잘 증식하기 때문에 위생 관리에 신경 써야 한다. 세균이 많은 칫솔로 이를 닦으면 잇몸병, 충치 등이 발생할 수 있다.

칫솔에 있는 균을 제거하려면 '식초'를 활용하는 게 효과적이다. 건양대 치위생학과 연구팀이 구강청결제, 베이킹소다, 식초가 칫솔에 증식한 세균을 없애는 효과를 알아봤다. 각각의 재료를 1% 수준으로 희석시킨 증류수에 칫솔을 5분 담근 뒤 일반 세균, 대장균, 황색포도상구균의 변화를 관찰했다. 그 결과, 식초에 담갔을 때 모든 균이 가장 많이 감소했다. 일반 세균은 7889CFU/㎖에서 0CFU/㎖로, 대장균은 1980CFU/㎖에서 0CFU/㎖로, 황색포도상구균은 2432CFU/㎖에서 0.6 CFU/㎖로 줄었다. 그 다음으로 효과를 낸 건 구강청결제다. 일반 세균은 254 CFU/㎖, 대장균은 12.6CFU/㎖, 황색포도상구균은 0.4CFU/㎖로 감소했다.​ 식초의 냄새가 싫다면 희석시키지 않은 구강청결제를 컵에 조금 덜어 칫솔을 5분간 담가놓으면 칫솔 살균 효과를 볼 수 있다. 칫솔 살균은 1주일에 한 번씩 하는 게 좋다.

이 밖에도 칫솔을 ▲창가에 두고 ▲​3개월에 한 번씩 교체하고 ▲​흐르는 물로 깨끗이 닦고 ▲​케이스를 신경 써 관리하는 게 좋다. 주로 칫솔을 두는 화장실이나 서랍 안은 습기가 많고 바람이 잘 통하지 않아 세균이 쉽게 번식하기 때문이다. 통풍이 잘 되고 햇빛이 충분히 닿는 창가 쪽에 칫솔을 두면 건조 효과와 자외선 소독 효과를 볼 수 있다. 칫솔질 방법이나 세기에 따라 칫솔 수명에는 조금씩 차이가 있지만, 칫솔모가 완전히 닳아 잇몸이 쓸리는 정도가 아니면 보통 3개월이 교체 주기로 적당하다. 밖에 들고 다니는 칫솔 케이스에는 물이 고이고 체균이 자라기 쉽다. 양치 후에는 칫솔을 완전히 털거나 말려 케이스에 물기가 생기지 않게 하고, 1주일에 한 번씩 휴지에 베이킹소다를 묻혀 케이스를 닦는 게 좋다.