구강청결제는 간편하게 입 냄새를 막고 입속 세균을 없앨 수 있어 많은 사람이 사용하고 있다. 양치질 대용이나 양치질의 마지막 순서로 습관처럼 이용하는 이들도 적지 않다. 하지만 구강청결제를 과도하게 사용하면 부작용이 나타날 수 있어 주의가 필요하다.

구강청결제에는 각종 항균 성분과 충치 예방을 위한 불소 성분이 들어 있다. 그러나 구강청결제는 양치질의 보조수단으로, 양치질을 완전히 대신할 수 없다. 구강청결제로 입속 세균을 줄일 수는 있지만, 완전히 제거하는 것은 불가능하다. 기본적으로는 양치질을 깨끗이 잘해야 한다.

구강청결제를 잘못 사용하면 오히려 건강에 독이 될 수 있다. 구강 질환이 없는데 구강청결제를 오래 혹은 과다하게 사용하는 경우, 구강건조증이 발생할 수 있다. 구강청결제 속 알코올 성분이 증발하면서 수분도 함께 빼앗기 때문이다. 입안이 건조하면 충치·잇몸 질환의 발생 위험이 커지고, 구취도 심해진다. 일부 구강청결제에 포함된 세틸피리디늄염화물수화물(CPC)이 치약의 계면활성제와 결합하면 치아 변색을 유발할 수도 있는 것으로 알려졌다. 또 구강청결제를 너무 자주 사용하면 당뇨병, 고혈압의 위험이 높아진다는 연구 결과도 보고된 바 있다.

구강청결제를 올바르게 사용하려면 용법과 용량, 주의사항을 확인해야 한다. 일반적으로 1일 1~2회 10~15mL 정도를 이용한다. 구강청결제를 입안에 머금고 30초 정도 가글 후 뱉어내야 한다. 입안에 소량 남았을 경우, 필요에 따라 물로 가볍게 헹궈도 된다. 사용 후 30분 동안은 음식물을 섭취하지 않는 게 좋다. 어린이는 보호자의 지도를 받아 사용해야 하며, 평소 구강건조증이 있거나 입안이 쉽게 건조해지는 노약자의 경우 에탄올 성분이 포함되지 않은 구강청결제를 고르도록 한다. 사용 중 입안에 발진, 작열감 등 과민반응이 나타나거나 고열, 두통, 구역 증상이 있는 경우에는 전문의와 반드시 상의해야 한다.