도마, 볼 등 나무로 만들어진 주방 기구는 관리를 잘못하면 2차 오염의 가능성이 있다. 먼저 목재류 기구를 구입할 때에는 단단하고 나무결이 촘촘한 제품을 구입하고, 기구가 구입 시보다 물러지거나 색이 어두워지는 등의 변화가 있을 시에는 미생물 오염이 의심되므로 폐기해야 한다. 또는 세척한 후 목재류 기구에서 악취가 나는 경우도 미생물 오염 가능성이 있으므로 폐기해야 한다.

또한 보관 시에는 건조한 곳에 보관하고 원목을 그대로 사용한 목재류 기구를 껍질을 벗긴 과일류, 야채류를 담는 용도로 사용할 시에는 과일과 야채의 수분이 쉽게 빠져나갈 수 있고 목재기구에 손상이 생길 수 있으므로 주의해야 한다.

세척 시에는 세척액에 담가두면 세척액의 잔류 위험이 있으므로 하지 않도록 하고, 세척액으로 닦은 후에는 세척액이 잔류하지 않도록 충분히 헹구어주어야 한다. 또한 목재류 기구를 식기세척기에 넣으면 틈이생겨 갈라지기 쉬우므로 주의한다. 육류와 생선류를 사용한 후에는 즉시 세척하고 뜨거운 물로 살균소독해야 다음 사용 시 오염을 일으키지 않는다.