간암클리닉은 간 질환 명의인 소화기내과 이창홍 교수와 외과 이건욱 교수를 중심으로 4개 진료과 9명의 의료진이 참여하고 있다. 2006년 6월에는 간암 환자에 대한 생체 간이식을 성공했고, 이후 24건의 생체 간이식을 시행했다. 성공률은 90%를 넘는다.
위암클리닉은 소화기내과 심찬섭 교수, 간암클리닉에도 참여하는 외과 이건욱 교수, 그리고 외과의 이경영 및 방호윤 교수가 중심이 돼 7개 진료과 16명의 의료진이 참여한다. 내시경을 이용한 점막 절제술로 초기 위암을 치료하며, 치료 성적은 국내 정상급으로 평가된다. 췌장암클리닉은 소화기내과 심찬섭, 천영국 교수와 외과 윤익진 교수 등 6개 진료과 11명의 의료진이 참여하고 있다. 내시경센터에 혈관조영장비가 갖춰져 있어 진단과 치료의 수준을 높였다.
부인암클리닉은 산부인과 이효표 교수와 8개 진료과 13명의 의료진이 긴밀하게 협진한다. 복강경 수술, 질강경 수술 등 피부 절개를 최소화하고 암만 떼어내는 최소침습수술을 적극적으로 시행한다. 혈액암클리닉은 종양혈액내과 이홍기 교수와 7개 진료과 10명의 의료진이 있다. 무균병실 등을 완비하고 조혈모세포이식 등을 통해 백혈병 등 혈액암을 진료한다. 뇌암클리닉은 신경외과 고영초 교수와 7개 진료과 10명의 의료진이 있으며, 최신형 감마나이프 장비로 뇌종양을 치료한다.
이 밖에 방광암 및 전립선암 클리닉은 비뇨기과 노용수 교수와 6개 진료과 8명의 의료진이, 두경부암클리닉은 이비인후두경부외과 임영창 교수와 4개 진료과 5명의 의료진이 협진체계를 구축하고 있다. 척추암클리닉은 신경외과 장상근 교수와 4개 진료과 6명의 의료진이 환자를 본다.