보건복지부는 지난해 3월 눈미백수술의 심각한 합병증 발생 등으로 안전성 논란이 제기됨에 따라 안과의사 등 6명으로 구성된 신의료기술평가위원회를 꾸려 부작용 평가를 했다.
눈미백수술을 받은 환자 1713명의 진료기록부를 대상으로 수술 후 2년 6개월까지 조사한 결과, 합병증 발생률은 82.9%였고 이 중 중증합병증 발생률은 55.6%에 이르렀다. 주요 중증합병증은 섬유화증식 43.8%(751명), 안압상승 13.1%(225명), 석회화 6.2%(107명), 공막연화 4.4%(75명), 복시 3.6%(61명) 등으로 나타났다.

과거에 결막수술을 받고 별 문제 없이 지냈지만 세월이 흐른 후에 공막괴사, 백내장, 녹내장등의 다양한 합병증이 나타나, 시력을 잃거나, 공막 양막 이식 등 2차 수술을 필요로 하는 사람이 꽤 있다. 이로 인해 대한안과학회를 포함해 많은 안과 의사들은 눈 미백술에 대해 "안정성이 보장된 것은 아니다"라는 결론을 내리고 해당병원에 경고장을 발송하는 등의 조치를 취한 바 있다.