커널형(밀폐형) 이어폰은 고무마개가 귓구멍을 완전히 틀어막기 때문에 외부 소음을 차단해 선명한 음질을 제공한다. 그러나 커널형 이어폰을 장기간 사용하면 고막이나 외이 등에 영향을 미쳐 청각이 떨어지고 염증이 생길 수 있어 주의해야한다. 음파는 약 3cm 길이의 외이도를 타고 소리가 모여 고막까지 전달된다. 커널형 이어폰에 들어있는 고무마개를 삽입하면 외부 소음뿐 아니라 공기까지 차단된다. 이때 외이의 압력이 높아지는 상태가 되는데 큰 소리의 소음이 전달되면 고막에 무리가 간다. 전문가들은 데시벨의 소리라고 해도 커널형 이어폰은 귓속에서 순환이 이뤄지지 않도록 하기 때문에 귀에 더 무리를 준다고 말한다.
또한 커널형 이어폰은 주변 소음을 차단시키다보니, 알림음이나 경고음을 인식하지 못해 안전을 위협하기 쉽다. 따라서 차량 통행이 잦은 거리, 골목길, 어두운 길을 홀로 걸을 때는 이어폰을 빼거나 한쪽만 끼는 게 안전하다. 헤드폰이나 일반 이어폰과는 달리 커널형 이어폰은 외이도 깊숙한 곳까지 들어오기 때문에 위생에도 좋지 않다. 귀 안에 지저분한 물질이 들어가 세균성이나 진균성 외이도염에 걸리기 쉽다. 따라서 고무마개를 자주 갈아주거나 소독용 에탄올로 닦아주어야 한다.